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Después de dos años de trabajo con el superordenador Mare Nostrum, investigadores del Institut de Recerca Biomédica (IRB) y del Barcelona Supercomputing Center (BSC) completarán el próximo mes el mayor catálogo de proteínas humanas del mundo.
La base de datos, de libre acceso a través de internet para investigadores de cualquier país, se ha creado para estimular el desarrollo de nuevos fármacos.
Los primeros productos que se han empezado a desarrollar con los datos del superordenador son antiinflamatorios, antibióticos y fármacos contra algunos cánceres, informa Modesto Orozco, director de la investigación. Los fármacos aprovechan la información que aporta el Mare Nostrum para potenciar o inhibir proteínas involucradas en estas enfermedades.
“Lo más importante es que obtenemos imágenes de las proteínas en tres dimensiones y en movimiento”, explica Orozco. Las imágenes clásicas de proteínas son estáticas como fotografías. Con el superordenador, se ha obtenido la película de cómo se mueve cada proteína: se ha obtenido “una gran videoteca de las proteínas humanas”.
La eficacia
Al ver cómo se mueve cada proteína, se aprecia cómo está articulada, cómo se dobla, en qué puntos interacciona con otras moléculas y en qué puntos debe acoplarse un fármaco para ser eficaz. Cinco compañías farmacéuticas han iniciado ya proyectos de investigación conjuntos con los equipos del IRB y del BSC en busca de nuevos medicamentos.
Otros equipos de investigación han empezado a trabajar también con los datos del Mare Nostrum, según se deduce de las treinta visitas diarias que se registran en la página web donde están colgados los datos de las proteínas.
Aunque estos datos tienen un gran potencial económico, y es posible que investigadores y empresas de otros países se lucren con ellos, “nuestra filosofía es que cualquiera los pueda aprovechar para el progreso biomédico”, señala Orozco. “Es una filosofía bastante común –precisa– en el campo de la bioinformática y que se ha aplicado, por ejemplo, con el genoma humano”.
Prueba de la magnitud del proyecto es que han hecho falta dos años utilizando alrededor del 15% de los 10 mil procesadores del Mare Nostrum –el ordenador más potente de Europa– para completar el catálogo de proteínas. El resultado son 10 terabytes de información –un terabyte equivale a un millón de megas– que reúnen la información de unas 1,900 proteínas. “Para procesar esta cantidad de información con un PC potente, nos harían falta más de mil años de cálculo”, asegura Orozco.
“El catálogo”
Las 1,900 proteínas catalogadas hasta ahora solo representan una minoría de todas las que forman el cuerpo humano. Pero, dado que muchas proteínas se parecen entre ellas, “las hemos elegido de manera que fueran representativas de un porcentaje importante de las proteínas humanas”.
Las claves
–El cuerpo humano tiene miles de proteínas.
–Gran parte de las enfermedades se deben a que alguna de ellas funciona mal. El superordenador Mare Nostrum ha estudiado 1,900 proteínas humanas y ha revelado sus puntos vulnerables
–Los datos se emplearán para diseñar fármacos que inhiban o potencien proteínas involucradas en enfermedades. |
