La fauna también es diversa en los manglares. Entre los habitantes más comunes están los cangrejos, la concha prieta, la iguana verde y la iguana negra, el camarón blanco, cocodrilos, ranas, tortugas, serpientes y peces como el pargo y el róbalo, según informes de la Autoridad Nacional del Ambiente (Anam) y el Instituto Smithsonian.
Rosabel Miró, de la Sociedad Audubon de Panamá, explica que, además, son sitios muy concurridos por aves como los pelícanos pardos, los cormoranes neotropicales (paticuervos), los ibis blanco, las espátulas rosadas, el gavilán manglero, la reinita amarilla y el trepatronco piquirrecto.
"Los bosques de manglar son conocidos por sostener altos números de aves migratorias insectívoras en muchas regiones neotropicales, en particular, varias especies de aves de la familia Parulidae. A menudo, sostienen más aves migratorias que los hábitats terrestres cercanos", afirma Miró.
De septiembre de 1993 a mayo de 1995, la Sociedad Audubon hizo un estudio en los manglares de Juan Díaz en la costa Pacífica y en los de Galeta, en la costa Atlántica, para identificar la abundancia de aves migratorias durante el período no reproductivo. Durante el estudio, 453 pájaros migratorios pertenecientes a 13 especies fueron observados en los manglares de Juan Díaz, cinco de estas especies de interés especial para la conservación a escala continental (reinita alidorada, reinita pechicastaña, reinita protonotaria, reinita collareja y la reinita cerúlea). Marina Gallardo, bióloga de la Anam, afirma que también se pueden observar mamíferos como murciélagos y el gato manglatero.
Sin embargo, toda esta riqueza biológica podría estar en peligro como consecuencia de la devastación de los manglares en el país.