Los dos precedentes del establecimiento de zonas de exclusión aérea se remontan a la década de 1990, durante los conflictos de Irak y Bosnia, cuando la comunidad internacional recurrió a esta medida para detener las masacres de los regímenes de Sadam Husein y Slobodan Milosevic contra la población civil. En el caso de Irak, la decisión no se fundamentó en una resolución de la ONU, sino que lo acordaron EU, Reino Unido y Francia para proteger a las poblaciones kurda y chií que se sublevaron contra el régimen de Sadam Husein después de la guerra del Golfo.
En abril de 1991 estalló la protesta de los kurdos en el norte del país, y el Consejo de Seguridad de la ONU aprobó una resolución de condena contra Irak que sirvió para legitimar la “injerencia humanitaria” de fuerzas internacionales en la región. Pero esta resolución no autorizaba explícitamente una zona de exclusión aérea, y EU la impuso, no obstante, al norte del paralelo 36 para la fuerza aérea iraquí. El entonces secretario general de la ONU, Butros Butros-Ghali, consideró esta medida militar “ilegal”.
En 1992 los mismos aliados establecieron una nueva zona de exclusión al sur del paralelo 32 para proteger a la población chií de los bombardeos de la aviación iraquí. Además de su legalidad internacional, se cuestionó también la eficacia de la medida, ya que no impidió que las fuerzas de Sadam Husein utilizaran helicópteros para reprimir con violencia las protestas de los chiíes. Los expertos reconocen que la prohibición aérea tiene poco impacto sobre la interceptación de los helicópteros, porque vuelan más bajo y a menos velocidad. Y estos aparatos están actualmente a disposición exclusiva del régimen de Gadafi.
En 1996, EU extendió la zona de exclusión hasta el paralelo 33, pero continuaron las masacres contra los civiles y el régimen de Sadam Husein acabó aplastando la revuelta chií. Además la legitimidad se vio crecientemente cuestionada tras la retirada de Francia de esas misiones en 1998. La prohibición aérea al norte del paralelo 36 finalizó en 1996, mientras la del paralelo 33 se mantuvo hasta 2003.
En el caso de Bosnia, la zona de exclusión aérea se apoyaba en una resolución de la ONU de 1993 que prohibía cualquier vuelo, civil y militar, en todo el territorio del país, para frenar los ataques indiscriminados del régimen de Slobodan Milosevic contra la población civil. La operación se amplió hasta llegar a una campaña de bombardeos de la OTAN contra posiciones serbias. La zona de exclusión aérea se mantuvo hasta diciembre de 1995, pero no evitó las peores tragedias del conflicto, como el asedio de Sarajevo y la masacre de Srebrenica en julio de 1995.