Desde los lejanos días de 1688, en el barrio de San Felipe fue levantado el Oratorio de San Felipe Neri, patrimonio histórico-religioso de la nación, mostrando su hermosura y dispuesto para los ejercicios de piedad cristiana.
El transcurrir de los siglos realizó estragos en la iglesia, y en 1913 fue restaurada. Pero a finales del novecientos se hizo obvia la necesidad de una nueva restauración, que comenzó en 1998; esta se detuvo por poco tiempo, a la espera de financiamiento, y se reinició en 1999.
La gestión de esta obra la realiza el Comité Arquidiocesano Pro Restauración y Conservación de la Iglesia San Felipe Neri, dirigido por Mireya Fabroni, con el financiamiento de la Fundación Pro- Educación Integral de la Niñez y la Juventud de Panamá. Los arquitectos restauradores del proyecto son Tarcisio Valdés y Domingo Varela. La firma encargada de la restauración: Choy y Asociados, dirigida por el arquitecto Manuel Choy. El proceso total debe terminar este año antes de las fiestas patrias y sobrepasa el medio millón de dólares, según nos informó el arquitecto Choy.
La primera etapa (apoyada por el IPAT) consistió en la restauración de techo y bóveda, que era de cinc. Ahora se instaló una estructura de madera de níspero y tejas. La segunda etapa consiste en la restauración interior y exterior del edificio.
La iglesia fue regentada por los vicentinos y la comunidad de la Medalla Milagrosa la ocupó. Ahora está bajo administración de la arquidiócesis.
La restauración del templo es integral: techos, paredes, suelos, por dentro y por fuera. Salvo el púlpito, de la época colonial, en realidad todo es bastante contemporáneo en San Felipe (e.d, del siglo XX). Pero también las columnas y las molduras del coro son las originales, solo se repararon. El resto del maderamen del coro es nuevo.
El coro es de dos niveles. Accesible por la escalera de caracol se encuentra el coro de los feligreses, pero arriba de este se encontraba el coro de las monjas.
La recuperación de la pintura artística está a cargo de Angela Camargo restauradora mexicana de renombre internacional y de los hermanos José Sergio y Sergio José López, profesionales de Parita, con el apoyo de jóvenes voluntarios de la USMA y de cuatro estudiantes de la Escuela Taller del Casco Antiguo, que se entrenan en la técnica de restauración.
La escalinata de piedra del altar, restaurada también por panameños, es la original de este templo del siglo XVII y fue descubierta al levantar el piso. El levantamiento del suelo de la iglesia produjo el hallazgo de 45 lápidas, todas fragmentadas, de entre 1820 y 1870, que serán reinstaladas en su lugar original, ya que como parte de las obras, se montó un taller de restauración de lápidas, con panameños.
Se ha recuperado el antiguo atrio de la iglesia, el cual tendrá nuevamente su acceso público por Calle Cuarta. Se abrirá una ventana arqueológica (cubierta con vidrio) del lado del atrio para que las personas puedan ver el piso original de canto rodado. El trabajo en el techo incluye la instalación de las cruces y la reposición de las incrustaciones de concha nácar en la torre.
