Los manglares del corregimiento de Juan Díaz que están cerca y dentro de los límites del humedal bahía de Panamá se han convertido en ecosistemas naturales bastante vulnerables, debido a la construcción de rellenos y grandes obras.
Organizaciones ambientales, como el Centro de Incidencia Ambiental, están solicitando a la actual administración no otorgar más permisos de construcción en la zona, hasta tanto se ponga en marcha un plan de manejo y uso de suelo que garantice la protección de la reserva, que es sitio Ramsar de importancia internacional desde el año 2003.