El Código Judicial establece las causales de nulidad para los procesos penales en el sistema inquisitivo. Las que enuncia el artículo 2294 son las siguientes:
1. La ilegitimidad de personería del querellante, cuando el proceso sea de aquellos en que no puede procederse de oficio;
2. La falta de jurisdicción o de competencia del tribunal;
3. No haberse notificado al imputado o a su defensor el auto de enjuiciamiento;
4. Haberse incurrido en el error relativo a la denominación genérica del delito, a la época y lugar en que se cometió o con respecto a la persona responsable o del ofendido;
5. No haberse notificado legalmente los autos y las providencias que acogen o niegan pruebas.
El artículo 2295, por su parte, establece como causales de nulidad las siguientes:
1. La no participación del Ministerio Público en el proceso y en los actos procesales que lo requieran de acuerdo con la ley;
2. La no intervención, asistencia y representación del imputado en los casos que la ley establece.
Además, este artículo dispone que el uso de amenazas, coacción o el empleo de promesa son también causales de nulidad. El artículo 2296 establece que solo las causales específicamente mencionadas en los artículos 2294 y 2295 son fuentes de nulidad.