El 1 de septiembre de 1924 se inauguró el Hospital Santo Tomás, entonces el más grande e importante del país. Allí, desde esas tempranas épocas, se brindaba atención a los niños en dos salas de 40 camas en la planta baja del hospital, cuenta la reseña del Club de Leones de Panamá. El pediatra Rodolfo Arce presentó al Club de Leones de Panamá una propuesta para construir un hospital enteramente dedicado a los niños en 1939. El entonces presidente Enrique A. Jiménez donó para tal propósito un terreno que se extendía hasta la avenida Balboa, entre calle 34 y al lado opuesto del Hospital Santo Tomás. La primera piedra fue colocada el 1 de noviembre de 1947.
La construcción del Hospital del Niño se inició el 14 de mayo de 1948 y fue terminada y entregada el 31 de enero de 1950. Desde la década de 1960, el hospital está regido por un patronato.