José Ayú Prado ejerce como magistrado de la Corte desde el año 2013 tras ser nombrado por el expresidente Ricardo Martinelli. Previo a esto, ejerció como procurador de la Nación, cargo en el que le correspondió iniciar las investigaciones por la cesión gratuita de un terreno en Paitilla al florista César Segura, y por la titulación gratuita de 54 hectáreas de tierra en Juan Hombrón, Coclé, a nombre de sociedades del exministro de la Presidencia Demetrio Papadimitriu.
Ambas investigaciones terminaron archivadas en el Segundo Tribunal Superior Penal.
Fue vinculado al escándalo de la casa de valores Financial Pacific (FP). La exempleada de FP Mayte Pellegrini, acusada de delitos financieros, señaló que como procurador Ayú Prado fue quien redactó la declaración en la que ella negó que el expresidente Martinelli estaba vinculado a la cuenta High Spirit, que tiene como director a Aaron Mizrachi, cuñado del exmandatario.
Otro hecho polémico se dio cuando el abogado Rosendo Rivera, en su momento defensor legal de Martinelli, manifestó que cuando Ayú Prado era procurador, elaboró las respuestas de un cuestionario que le envió la Fiscalía Séptima de Circuito al exmandatario, como parte de la querella que interpuso contra la dirigente política Balbina Herrera.
La dirigente política fue condenada a tres años de prisión por divulgar correos electrónicos en los que Martinelli hablaba con el italiano Valter Lavítola sobre la compra de equipos de seguridad a Finmeccanica.
El exjuez Alexis Ballesteros denunció, en 2014, que recibió presiones de Ayú Prado y otros tres magistrados para fallar a favor de los amigos del expresidente Martinelli. La denuncia está pendiente de resolver en la Asamblea Nacional.
Ayú Prado fue declarado impedido de ser juez de garantías en la investigación seguida a Martinelli por supuesto uso de información privilegiada para comprar acciones de la minera Petaquilla, utilizando tres cuentas en la casa de valores Financial Pacific. El impedimento se dio tras críticas de la sociedad civil.
Actualmente, tiene ocho denuncias pendientes de resolver en la comisión de Credenciales de la Asamblea Nacional.