La historia del laicismo, como el reconocimiento de la autonomía de lo político y civil respecto a lo religioso, está vinculada al poder de la Iglesia católica y las transformaciones ocurridas en su seno a lo largo de los siglos.
En 1791, como respuesta a la proclamación por la Convención francesa de los Derechos del Hombre, el papa Pío VI hizo pública su encíclica Quod aliquantum en la que afirmaba que "no puede imaginarse tontería mayor que tener a todos los hombres por iguales y libres". En 1832, Gregorio XVI reafirmaba esta condena sentenciando en su encíclica Mirari vos que la reivindicación de tal cosa como la "libertad de conciencia era un error venenosísimo". En 1864 apareció el Syllabus en el que Pío IX condenaba los principales errores de la modernidad democrática, entre ellos muy especialmente la libertad de conciencia.
En el mismo sentido se pronunciaron León XIII y Pío X, que en 1906 escribió lo siguiente: "Que sea necesario separar la razón del Estado de la de la Iglesia es una opinión seguramente falsa y más peligrosa que nunca".
Hubo que esperar al Concilio Vaticano II y al Decreto Dignitatis humanae personae, impulsado por Pablo VI, para que se reconociera la libertad de conciencia como una dimensión de la persona contra la cual no valen ni la razón de Estado ni la razón de la Iglesia.
