El miércoles 18 de noviembre de 1840, el general Tomás Herrera firmó la declaración de independencia de mayor duración en el siglo XIX. La independencia de 1840 fue hecha por panameños, para panameños, sin ninguna intervención extranjera. Se unieron la provincia de Panamá y la provincia de Veraguas, para conformar el Estado del Istmo.
Este pequeño Estado contaba con unos 5 mil varones dispuestos a defender su independencia. El Estado del Istmo realizó su Asamblea Constituyente el 1 de marzo de 1841, y la Ley fundamental (Constitución) que produjo, fue de avanzada para la época. Esa joven República fue reconocida por Costa Rica y Estados Unidos.
Para el 8 de agosto de ese año (1841) se creó la Universidad del Istmo. El novel país contaba con moneda, parlamento, gobiernos locales y ejército. Mientras tanto en Nueva Granada se desarrollaba la cruenta guerra entre seguidores de Simón Bolívar y los de Francisco De Paula Santander, en lo que se denominó la “Guerra de los Supremos”.
Concluida esa guerra con la derrota de los federalistas, los conservadores santanderianos la enfilaron contra el Estado del Istmo. Se le hicieron promesas de autonomía y de respeto a las libertades de su ciudadanía, pero Nueva Granada ejerció su músculo militar y las promesas fueron descartadas. El experimento democrático y de autogobierno murió el 31 de diciembre de 1841. Tomás Herrera decidió salvar la vida de todos los panameños y panameñas frente a una probable matanza si se oponía.
Algunos de los más conspicuos líderes de este experimento fueron a dar al exilio, como Justo Arosemena. En 1846, Nueva Granada firmó un Tratado con Estados Unidos, el Mallarino-Bidlack, por el cual el coloso del norte garantizaría la soberanía de Nueva Granada sobre Panamá, a cambio de generosas concesiones que se convertirían en un ferrocarril.
El 5 de diciembre de 1854, el general Tomás Herrera murió en Bogotá defendiendo la institucionalidad. El 27 de febrero de 1855, impulsado por Justo Arosemena, se aprobó la creación del Estado Federal de Panamá, el mejor homenaje a Tomás Herrera, y el prólogo a la República que nacería el 3 de noviembre de 1903.
