Al igual que en la lucha independentista, la tarea no fue fácil. Hubo discordia, inquietud y varias propuestas de bandera.
En atención a ese propósito afloraron el celo genuino de los gestores de la separación y también los intereses de otras personalidades que, si bien fueron pieza clave en la victoria, no tenían alma panameña.
Y eso se demuestra cuando Philippe Bunau Varilla, dentro de su propuesta hecha antes del 3 de noviembre de 1903 para lograr el reconocimiento internacional del Istmo, sugiere la necesidad de una bandera para la nueva nación.
Es más, le ofrece a Manuel Amador Guerrero encontrar en Estados Unidos ágiles y discretos dedos que confeccionarían la nueva enseña.
Madame Bunau Varilla Es así como madame Bunau Varilla, con ayuda de la hija de Bigelow, una adolescente que se sentía fascinada de formar parte de la intriga y rejuegos en la creación de una nueva República, terminan el producto, que fue mostrado a Manuel Amador Guerrero antes de que el colombiano se embarcara en el vapor Yucatán que lo traería de nuevo a su patria adoptiva. Amador Guerrero aprobó la bandera sin mucho entusiasmo y se la enrolló en la cintura antes de abordar el barco, pero, una vez llegó al suelo panameño, en una reunión con el resto de los conspiradores, hubo un amplio rechazo, porque era una clonación de la bandera de Estados Unidos: rayas horizontales amarillas, en lugar de rojas; y en el rectángulo superior izquierdo, donde aparecen las estrellas, dos soles amarillos (los continentes) unidos por una banda de un mismo color, representando el Canal, así como las estrellas significan los estados de la unión americana.
Ante este rechazo, le corresponde a doña María Ossa de Amador, con la colaboración de Angélica B. de Ossa, confeccionar la bandera, bajo las mayores medidas de privacidad y sigilo, a partir de un diseño de su hijo, Manuel E. Amador, que fue dibujado rápidamente.
Una vez confeccionada la bandera, es presentada en el Hotel Central, donde se encontraba reunida la Junta Revolucionaria, lo que causó una gran alegría entre el público que estaba allí a eso de las 9:00 de la noche del 3 de noviembre. La explicación de la bandera es la siguiente: un fondo blanco que significa la paz; dos cuadros: uno rojo y otro azul, colores insignia de los dos partidos políticos históricos; y dos estrellas, una roja y otra azul, representando toda la unión de los panameños.