La justicia panameña funciona como un árbol con varias ramas. Aunque el tronco principal lo componen el Ministerio Público y el Órgano Judicial, no toda la administración de justicia proviene de esos cuerpos.
La regla general instituida por la Constitución Política de la República de Panamá, en el artículo 220, es que al Ministerio Público le corresponde la investigación de todas las causas criminales.
Esto es cierto para la gran mayoría de los casos, sobre todo las causas comunes de las que el público participa, y que constituye la acción cotidiana de la justicia penal en Panamá.
Según el artículo 160 de la Constitución Política, a la Asamblea Nacional le corresponde juzgar al presidente de la República, y a los magistrados principales y suplentes de la Corte Suprema de Justicia. Nótese que la Constitución dejó por fuera al vicepresidente de la República, pero este vacío fue corregido en el Código Procesal Penal, asignándoselo también a la Asamblea Nacional.
En cuanto a la Corte Suprema de Justicia, el artículo 206 estatuye que al pleno de este alto tribunal le corresponde investigar y procesar a los diputados principales y a sus suplentes.
Además, por ley, el Código Procesal Penal establece que los funcionarios de mando y jurisdicción nacional, tales como los procuradores, el contralor general, los magistrados del Tribunal Electoral y los ministros de Estado son sujetos de juzgamiento por parte del pleno de la Corte Suprema de Justicia. Mientras que los viceministros de Estado, el defensor del Pueblo y otros funcionarios de mando y jurisdicción nacional son sujetos de juzgamiento por la Sala Segunda de lo Penal de la Corte Suprema de Justicia. En este caso, el Ministerio Público tiene la responsabilidad de realizar las investigaciones.
Finalmente, la Fiscalía General Electoral, una institución autónoma, tiene el mandato de realizar todas las investigaciones correspondientes a los delitos electorales, según el artículo 144 de nuestra Carta Magna. En el último año se ha presentado la confusión entre la Corte Suprema de Justicia y el Tribunal Electoral, acerca de cuál es el órgano competente para juzgar a los diputados por delitos electorales. La Constitución es clara: esa atribución es del pleno de la Corte Suprema de Justicia.
Todos los procesos judiciales, incluyendo los que conocen la Asamblea Nacional y la Corte Suprema de Justicia, se regulan por el Código Procesal Penal. La única excepción son los casos electorales, que deben seguir las normas del Código Electoral.