COVID-19

Gorgas: Cepas del virus llegaron todas a Panamá entre febrero y marzo

Gorgas: Cepas del virus llegaron todas  a Panamá entre  febrero y  marzo
Personal de salud tomó muestras de hisopados ayer en Torrijos Carter, San Miguelito, a fin de detectar presencia del nuevo coronavirus. Román Dibulet


Un equipo de científicos de los departamentos de Virología y Biotecnología, y Genómica y Proteómica del Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud (Icges) comenzó a obtener respuestas sobre el linaje u origen del virus SARS-CoV-2, así como de su llegada al país.

La secuenciación genética hecha a muestras de pacientes obtenidas durante tres semanas (del 9 al 30 de marzo) ha permitido establecer que el paciente cero estaba en Panamá en el mes de febrero, pero todavía no han logrado identificarlo.

Alexander Martínez, jefe del departamento de Genómica y Proteómica, reveló que han secuenciado el virus de 120 muestras de pacientes, lo que les ha permitido obtener 110 genomas completos. En el resto de las muestras no se logró secuenciar el genoma completo, solo parcial. Pero el trabajo no termina allí. Siguen realizando análisis con un sistema de alta generación.

Los datos obtenidos en los estudios han permitido establecer que hay 8 linajes (cepas) que tienen un origen de importación y un linaje de origen local.

En ese sentido, Martínez explicó que la cepa A2 (España) que llegó al país, mutó y fijó una transmisión entre la población, originando posiblemente la cepa local A2PAN.

Añadió que los resultados preliminares, con probabilidades estadísticas de 95%, permiten establecer que el linaje local A2 PAN pudo haber llegado entre el 9 de febrero y el 4 de marzo.

Martínez afirmó que, de acuerdo con los resultados, los virus importados llegaron todos simultáneamente después de Carnaval, con los viajeros que visitaron países donde había infección activa del nuevo coronavirus.

Los investigadores siguen secuenciando el virus para conocer más sobre la transmisión entre la población panameña.

Científicos del Gorgas, decodificando el virus

Desde que se reportó el primer caso en el país, el pasado 9 de marzo, científicos del Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud (Icges) no solo están realizando –a diario– las pruebas de laboratorio para confirmar nuevos casos de la enfermedad Covid-19, sino que continúan descifrando el genoma del virus SARS-CoV-2.

Gorgas: Cepas del virus llegaron todas  a Panamá entre  febrero y  marzo
En el Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud (Icges) no solo están analizando a diario unas 1,000 pruebas de la enfermedad sino que realizan investigaciones. Archivo

La secuencia del genoma es importante por cuatro razones: proporciona información independiente de los orígenes de la epidemia y nuevos linajes (cepas); permite conocer la fuente de transmisión de un infectado; brinda datos de la dinámica epidémica de enfermedades pasadas; y da luz sobre la adaptación del patógeno en la población.

Así lo planteó en el Café Científico de la Secretaría Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación, Alexander Martínez, jefe del departamento de Investigación en Genómica y Proteómica, quien explicó que la secuencia del genoma del virus brinda información sobre la fuente de infección, ya que se analiza el virus específico que afectó al paciente.

Además permite, luego de localizar el paciente 1 y 2, secuenciar ambos virus y obtener resultados similares, establecer un vínculo entre los pacientes; y buscar mutaciones que hacen que el virus se pueda transmitir mejor en la población, explicó el científico.

Por esas razones, este equipo del Gorgas trabaja en la secuenciación del virus y ya tiene las primeras respuestas sobre el linaje y llegada del virus al país, entre otros detalles.

110 genomas

Martínez manifestó que secuenciaron el patógeno de 120 muestras de pacientes, obtenidas durante tres semanas (del 9 al 30 de marzo, lo que les permitió obtener 110 genomas completos, y siguen realizando más análisis con un sistema de alta generación. En el resto de las muestras analizadas no se logró secuenciar el genoma completo, solo parcial.

Precisó que clasificaron a los pacientes de la siguiente forma: si conocían cómo se habían contagiado, si tenían antecedentes de un viaje, si era trabajador en la primera línea de respuesta de la pandemia, familiar de un contacto positivo o si tenía historial de viaje a un lugar con brote activo del virus SARS-CoV-2.

Gorgas: Cepas del virus llegaron todas  a Panamá entre  febrero y  marzo
Tabla.

Los datos obtenidos en los estudios, subrayó Martínez, han permitido identificar 8 cepas que tienen un origen de importación (España, Italia y Estados Unidos) y una posiblemente de origen local, es decir, que llegó, se estableció y mutó fijando cadenas de transmisión efectiva en la población.

Luego de establecer el origen del linaje, el equipo de Genómica y Proteómica también buscó conocer cuándo llegó el virus a Panamá. Lo hizo mediante el análisis de ancestro más común de las cepas A1 (Estados Unidos), A2 (España), A2 PAN (origen local y probablemente descendiente de A2), B1 (Italia), y otras cepas. Es un análisis -ancestro más común- en el que se le coloca una fecha a la secuenciación y un software especializado se encarga de identificar los nodos de los ancestros.

Los resultados preliminares, con probabilidades estadísticas de 95%, permiten establecer que el linaje local A2 PAN pudo haber llegado entre el 9 de febrero y el 4 de marzo.

Otros análisis también arrojaron que la cepa A1 (Estados Unidos) llegó entre el 6 de febrero y el 26 de febrero, es decir, un poco antes del A2PAN; y la B1 (Italia), entre el 21 de enero y el 2 de marzo. (Ver gráfica).

Martínez afirmó que, de acuerdo con los resultados, el paciente cero ya estaba en Panamá en febrero, y que los virus importados llegaron todos simultáneamente después de Carnaval con los viajeros que visitaron países donde había infección activa del nuevo coronavirus.

No obstante, aclaró que siguen descifrando el virus y buscando más respuestas sobre su presencia y comportamiento en el país.

Aislamiento del virus

Sandra López Vergés, jefa del departamento de Investigación de Virología y Biotecnología del Icges, acotó que trabajan en el diagnóstico diario de nuevos casos de Covid-19 para encontrarlos, aislarlos y poder disminuir la transmisión del virus.

Además, trabajan en varias técnicas que serán muy útiles para diferentes campos de la investigación. Por el momento, dijo, los resultados obtenidos en la parte de secuenciación, filogenética y análisis del virus son muy interesantes.

La científica indicó que este virus es de la familia coronaviridae, a la que, por muchos años después de ser identificada, no se le prestó atención porque la mayoría son virus de origen veterinario, y la virología médica no se enfocaba en ellos.

Sostuvo que los pocos virus de esta familia coronaviridae que pueden afectar a humanos causan infecciones instestinales o respiratorios.

En la década de 1960 y 1970 se identificaron los primeros coronavirus respiratorios que podían infectar humanos, y los cuatro que son endémicos en el mundo entero y nuestro país causan resfriado común: 229E, OC43, NL63 y HKU1.

Los coronavirus son pequeños que infectan animales (mamíferos), sobretodo los alfacoronavirus ( 229E y NL63) y los betacoronavirus (OC43, HKU1 MERS, SARS-CoV y SARS-CoV-2), y de allí es que provienen los diferentes virus emergentes que han logrado infectar al humano, explicó López Vergés.

Señaló que todos los virus emergentes que pasaron del animal al humano han logrado adaptarse de tal manera que la transmisión de humano a humano sea eficiente. El único que no lo logró fue el MERS, el más letal.