En su inicios ofreció asistencia espiritual y era un centro de beneficio social para los pobres y enfermos. Facilitó a los conquistadores el proceso misionero entre los indígenas y sirvió de apoyo en las obras de la iglesia Santiago Apóstol. Esa fue la función que cumplió la capilla San Juan de Dios, de Natá.
Los españoles que se establecieron en esas tierras de Coclé levantaron el pequeño templo en el último cuarto del siglo XVII, aledaño a lo que fue el hospital o Casa de Salud San Juan de Dios, fundada por fray Juan Burgos, en 1670, cuenta Ana María Arosemena, miembro de la Fundación Natá de los Caballeros, siglo XXI (Funac).
Utilizaron materiales como ladrillos, cal y canto para levantar los muros, varas de cañaza y tejas para el techo. Materiales estos confeccionados o adquiridos en el mismo Natá con la ayuda de los aborígenes del lugar.
El paso de los años y la falta de mantenimiento provocaron su deterioro. Hoy la Funac ha decidido iniciar la difícil, pero no imposible, tarea de restaurarla.
